Wenn die Winterszeit kam und die Arbeit im Garten ruhte, kehrte Bauer zu seiner Lieblingsbeschäftigung zurück: der Arbeit an der Familiengeschichte der Landwirtschaftsgeschlechter beider Dörfer. Wer die mühevolle Arbeit familiengeschichtlicher Beschäftigung kennt, muß den Bienenfleiß des Pastors bewundern, der, wie später Pastor Mende in Schönburg, die Stammbäume sämtlicher Bauernfamilien erforscht hat. Besonders lehrreich ist auch der Hinweis auf die Entwicklung der Schreibweise mehrerer Familiennamen, die sich beispielsweise der Dialektsprache gemäß aus Böhme in Biehme oder Biehne umwandelten. Anfänger in der Familiengeschichte begehen meist den Fehler, bei ihren Arbeiten die jetzige Namensform alls allein richtig zu betrachten. (Der bekannte Scherz von der Namensentwicklung Blei, Plumbum, Pflaumenbaum hat einen tiefen Sinn).
Bauers Forschungen beginnen meist vor 1600 und betreffen sodann die Ausbreitung der Familien im 17. und 18. Jahrhundert.
Für Großjena bearbeitete er die Geschlechterkunde der Familien:
Thümmel, Günther, Kühn, Eckert, P. Weber, Heidenreich, Förtel, Fischer, Markgraf, Grober, Bener, Helbig, Schörling (Schörnigk), Reichenbach, Reicherdt, Geißdorf, Schlag, Brandt, Hönicke, Vogel, Kathe, Fiedler, Härtel, Trostmann, Rühle, Mohr, Polen, Preußer, Elste, Schlag, Sachse, Küntzel, Köhler, Becke, Reinhardt, Hoffmann, Otto, Bley, Schied, Wagenburg (Wagner), Fachmann, Walter, Engelmann, Oeler, Körner, Meißner, Dipel, Stehber, Völkner, Seume, Funke, Frischbier, Diech, Huhn, Brech, Freyberg, Eisleben, Stange, Brüsen, Böhme, Liebolt, Pflock, Glain, Hartig, Kellerbach, Hübner, Lorenz, Held, Teuring, Krautheim, Ackermann, Kuntze, Buttstädt, Kötschau, Weise, Spitze, Lindwich, Tänzer.
Die Schellsitzer Familienstammbäume sind mit folgenden vertreten: Andrä, Arnold, Arndt, Bamberg, Becker, Behland, Bergner, Böhme (Biehme, Biehne), Bischoff, Burg, Busch, Detsch, Drebst, Dühring, Ehrhardt, Fachmann, Fickelscher, Fuhrmann, Gemeyer, Günther, Güntschel, Herbig, Hirschfeld, Hoffmann, Horn, Hühnerkopf, Jäger, Immisch, Joch, Junge, Kahn, Kayn, Keil, Keyser, Kötteritzsch, Krautheim, Krieckstädt, Krug, Kühling, Lechenbecker, Leißling, Leißring, Locher, Meiße, Menzel, Metz, Mörl, Neiß, Nietzsch, Otto, Pfeil, Pocker, Probst, Reichenbach, Reichert, Riedling, Rüssel, Saier, Schilen, Scheidig, Schlag, Schlegel, Schöber, Schömberg, Schönburg, Schramm, Schulze, Seidwitz, Seißnitz, Seitz, Seyfarth, Stieler, Stützer, Theile, Tietzman, Ulrich, Vogt, Wagner, Walter, Weißenborn, Wentzel, Wezel, Wickmann, Winter, Wirth, Zausche.